清华历史学科的核心机构是历史系，下设有中国古代史教研室、中国近现代史教研室、世界史教研室、思想文化史教研室，以及国际汉学研究所、出土文献研究中心、经学研究中心、中国经济史研究中心、中国近代文化与现代化研究中心、东北亚研究中心、旅游文化与文化遗产研究中心等专门研究机构。
图书资料的收藏也在全国历史系所中名列前茅，历史系拥有面积400余平方米、藏书10万余册的系资料室，科技史与古文献研究所也建有一个颇具规模的文献数据库。
清华大学在历史时期就素以图书完备、条件优越著称，院系调整时清华绝大部分的文科图书资料均保留在学校。清华大图书馆和人文分管现有各类文史典籍百余万种，其中珍贵古籍有2万8千余种、30万册，外文图书40多万册，电子文献数据库多个。
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