著有长中短篇小说近百篇,代表作品主要有：
短篇小说：
《那个男孩是我》（1993年《作家》杂志）
《是谁在深夜说话》（1995年《人民文学》杂志）
《哺乳期的女人》（1996年《作家》杂志）
《白夜》（1998年）
《男人还剩下什么》（1998年）
《蛐蛐 蛐蛐》
《怀念妹妹小青》
《地球上的王家庄》
《彩虹》
《家事》
《相爱的日子》等
中篇小说：
《雨天的棉花糖》（1994年《青年文学》杂志）
《青衣》（2000年）
《上海往事》
《推拿》
《玉米》
《玉秀》
《玉秧》
长篇小说：
《平原》
《推拿》
《玉米》
《相爱的日子》
短篇小说集：
《慌乱的指头》
《祖宗》
《操场》等。
《毕飞宇文集》（四卷本，按照时间顺序编排，2004年，江苏文艺出版社）：
《这一半》
《冒失的脚印》
《轮子是圆的》
《黑衣裳》
《蛐蛐 蛐蛐》、《怀念妹妹小青》、《地球上的王家庄》、《彩虹》、《家事》、《相爱的日子》
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