1、地理位置不同
昆山站：位于中国江苏省昆山市人民南路1号
昆山南站：位于中国江苏省苏州市昆山市创业路南。
2、站台线路不同
昆山站：截至2021年5月，昆山站站台规模为3台6线（含正线2条），途经线路为京沪铁路。
昆山南站：截至2021年5月，昆山南站设4台12线，其中正线4条，到发线8条，站台为4个岛式站台。途经昆山南站的线路为京沪高速铁路与沪宁城际铁路。
3、投用日期不同
昆山站：昆山站始建于1905年。昆山站于1905年随沪宁铁路（今京沪铁路）沪苏段的开通而营运。
昆山南站：昆山南站始建于2009年4月；2010年7月1日，伴随着沪宁城际铁路开通运营，昆山南站投入使用。
4、建筑规模不同
昆山站：改造后的昆山站总占地面积为10205㎡的南北站屋候车室4个，拥有室内面积共计850㎡的南北票房2个，售票窗口28个；共安装座椅1960个；及时为旅客提供车站信息的LED显示屏39个和约6000㎡的南北广场两个。
昆山南站：昆山南站总建筑面积达7.1万平方米，站台层高13.45米，站台层高16.9米，站台总覆盖面积约3.8万平方米。
以上内容参考：百度百科-昆山站、百度百科-昆山南站
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