区别在于前者是在公安或检察院不予追究刑事责任的时候，公民自己向法院起诉要求法院追究刑事责任。 而后者则是必须公民自己向法院起诉要求法院追究刑事责任而不可以要求公安或检察院予以追究刑事责任。后者包括5种案件。
自诉案件包括三类：告诉才处理的案件；被害人有证据证明的轻微刑事案件；被害人有证据证明对被告人侵犯自己的人身权利，财产权利的行为应当追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
告诉才处理的案件包含在自诉案件中
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