我很负责任的告诉你,你的同学可以放心,那个房子是他的,因为那个协议是双方真实意思表示,完全有效。那个房子是她爸爸再婚前的个人财产,完全有处分的权利。与她继母没任何关系。不过我国的不动产采取登记主意,希望你同学和她爸爸一起去变更登记一下。
让他父亲直接把这房子赠与你同学或是把房产证上的名字改成你同学的,现在新增的法律,遗产税要很多钱的。