A．两种原子构成的共价化合物分子中的化学键不一定都是极性键，如H2O2中既有极性键也有非极性键，故A错误；
B．两种不同非金属元素原子间形成的化学键都是极性共价键，正负电荷的中心不重合，如HCl，故B正确；
C．全部以极性键相结合，具有对称型结构的为非极性分子，如CO2中含有极性键，但结构对称，正负电荷的中心重合，属于非极性分子，故C错误；
D．离子化合物的熔点不一定比共价化合物的熔点高，如二氧化硅的熔点大于NaCl的，故D错误；
故选B．
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