医院设置行政职能科室21个，临床、医技科室51个，其中省级优势学科和市级重点学科、专科10个（呼吸内科、消化内科、神经内科、神经外科、血液病科、职业病科、烧伤整形科、医学影像中心、心血管内科、超声诊断科），西安市7个研究所（室）包括心血管、呼吸、消化、神经疾病、血液病、职业病及化学中毒救治基地、影像中心等专业科室；西安市临床影像、医院感染、消化内镜及临床检验质量控制中心设在医院。
