使用硝化细菌前，如果水十分混浊，可先用净水剂处理，待沉淀后用虹吸法吸去沉淀物，并用时先放置过液的水换去缸水的1/3，随后加入硝化细菌。净水剂对鹦鹉鱼和中华草龟有害。鱼缸中最好不要用净水剂、除氯水之类的药,净水剂只是将水中物质凝结在一起,如果被鱼吸入而不能过鳃,死亡很高。
净水剂最常用的絮凝剂，絮凝剂包括两大类：无机絮凝剂，有机絮凝剂。无机絮凝剂为高价金属盐，如硫酸铝、硫酸铁、氯化铁、四氯化钛及无机酸和碱。典型的例子是某些选矿厂往浓密池中加石灰以加速精矿的沉降，提高浓密与过滤的效率减少金属的流失。
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