洋葱锈病的病原菌是葱柄锈菌和香葱柄锈菌，前者多在寒冷地带致病。
两者均属于担子菌亚们、柄锈菌属。主要以冬孢子在病残体上越冬，而后冬孢子萌发可产生担子和担孢子，借气流传播。
南方地区以夏孢子或菌丝体在田间病株上越冬，第二年春季以夏孢子飞散传播。
在春、秋两季低温多雨时期容易发病，肥力不足、生长不良的植株发病较重。
