要看孰先孰后。明知查封还租，是无效的。未查封前签约的，合同当然有效，但是，有效的合同因事后突发变故，双方无法履行合同义务的，可以解除合同。
租赁合同仍有效的，仍要履行。但是如果此厂房已经在出租前就已抵押的，现在是抵押权人来主张法院查封及拍拍卖的，则你的租赁合同无效。
