公司运行中，股东要求撤股，该如何处理？

有几点疑惑，公司到底有没有进行工商注册，未注册又何来经营活动？

先就一些法律问题答复如下，一家之言，仅供参考：
一、原股东设定是由ABCD四人注册设立公司，目前尚未注册。在法理上属于“设立中公司”的概念，指为准备设立公司的筹备状态。
二、如果四方已经签订了协议，而D未出资，并不必然导致“我的理解：D的股份将不存在，公司股份将自动按照出资额和固定资产进行分配，或者BC各持有15%的股份，这样A实际有点亏。”而应当要求D根据协议履行出资义务。
三、A收取B、C款项的行为，实际是代“设立中的公司”代收的行为，不代表A本人。但A如何存放这些钱的？包括A自己的出资，利息归属是谁？需要说明。
四、A如果本身有一个公司，其原约定是要注销后设立新公司的，因此A目前的经营活动不能视为ABCD共同经营的。并且还未将固定资产转移给新设立的公司，所谓固定资产折旧的说法，个人觉得没有依据。但能证明第六项的除外。
五、后来 BC经营A原来公司的事情有没有协议，如果有协议，案件的法律关系会更复杂。如果没证据，BC不承认，对A不利。
六、鉴于四方有共同设立公司的意思表示，如果能够证明共同设立的公司将承继自协议签订之后原来A那个公司的盈亏的话，那么公司的亏损将由ABCD按比例承担。如果不能证明的话，那么为筹备设立公司期间发生的筹备费用，由ABCD按比例承担。
七、鉴于B对A提出诉讼，A可以抗辩为：目前各方并未明确终止原出资协议，D未出资可向D主张，在协议未终止的情况下，各方应当继续履行原协议。如果B要求终止并退钱，必须由C、D参加诉讼，一并解决。对于应当由D承担的部分，应当在诉讼中向D主张。
八、在诉讼中，如果各方一致同意终止原协议，那么应当按比例分担筹备期间的费用成本或亏损。具体视约定。

由于陈述案件不完整，答复也无法完整，仅供参考。

公司未注册合同不成立的观点错误。合同自各方签字之日起成立。依法成立的合同，自合同成立之日起生效。没有注册并不必然导致合同无效，仅是涉及各方是否违约的问题，但从你提供的情况无法确定哪方违约。

虽然没有注册，但是合同实际履行，且各方参与了经营，可以理解为对原有合同的内容做出了变更。各方之间并非公司法意义上的股东关系，而是合伙关系。D没按原协议履行出资义务，这是D的违约行为，与你方无关。

本人认为你分析得正确，收条仅是A从B处收到款项的凭证，从各方实际参与经营等行为来看，你方完全可以举证证明所收到的款项为B的出资款项，而非A对B的借款。当然如果没有证据证明的话，将承担举证不能的后果--还款！

无论是公司经营还是合伙经营，风险共担是基本原则，B要求按原出资额退伙没有法律依据。如果经营发生严重困难不能实现合同目的，可以要求退伙，但只能以清算后的财产总额，按出资比例退还出资。出资比例以ABC实际出资为依据。

重要的法律问题最好到律师事务所当面咨询，因为法律是讲究证据，没有证据的事实说了也不会得到法律的支持，但在网上就无法帮你审查了；第二法律问题有很多细节，你所讲述的未必全面，这都可能影响律师的判断。所以，如果你有意，建议带着相关合同等材料到律师事务所当面咨询为好。

表述不清，无法判断！
以上回答仅根据本人描述所做初步判断，仅供参考。

请到当地律师事务所咨询