首先，我国不动产产权以房地产登记部门的登记为准，既然你公公的名字在该地块及地块之上的房产上没有登记，则你公公对该地块及地块之上的房产肯定是不享有任何权利的。至于协议是否有效要看具体内容了，涉及的因素较多，比如该地块的土地使用权是否可以自行转让，你公公的这个朋友是否有权转让该土地的使用权等等，如果协议无效，可要求对方返还购地款。
其次，关于工厂的股份问题，公司股东也是以登记为准的，所以你公公的名字如果不在公司股东名册上，那么你公公对这个工厂也就没什么权利了。如果你公公的朋友目前在工厂的股权比例大于70%，而你们又有证据证明其承诺70%的股权归你公公所有，可能还可以主张隐名股东身份，但这还牵涉到其他股东是否会提出异议等，比较复杂。
鉴于该事项时间已经比较长了，建议乘还能掌握对方财产状况（房产和公司股权）的情况下尽早采取法律手段寻求解决方案，具体可咨询当地律师。我是上海的律师，如有需要可以给我留言。
你们这样下去很可能就会被黑了。房产没有办理过户是没有法律效力的。建议找专业律师咨询。
问题很严重。
尽早的收集一切资料原件。
协议是没法对抗房产证的登记效力的.
不见房本不掏钱这是现在房产市场的一个通行惯例了.这个亏吃的有点大.
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