增值税业务结算问题（所涉及三方A、B、S均为增值税一般纳税人）

这个其实只是总公司对分公司的收款上的一个管理，税务上的风险是不存在的，因为你同B分支机构发生业务，也是由B分支机构开具的税票，到此，相关的税务关系已经完成，只要B分支机构按规定缴纳税款完成相关的纳税义务，对购买方式没有任何影响的。这样考虑也可以，如果你不付钱给B,也不付给A,你拿的票一样可以抵扣，对方也还是必须缴税。

按照增值税发票管理暂行条例第二十六条的规定： 填开发票的单位和个人必须在发生经营业务确认营业收入时开具发票。未发生经营业务一律不准开具发票。
根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。单位和个人在开具发票时，必须做到按照号码顺序填开，填写项目齐全，内容真实，字迹清楚，全部联次一次打印，内容完全一致。任何单位和个人应当按照发票管理规定使用发票，不得扩大发票使用范围。任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。

因此，收款方应按上述规定如实向付款方开具发票，不可开具与实际经营业务情况不符的发票。