A、脂肪酸氧化的最终产物是二氧化碳和水，A错误；B、发生在线粒体中的氧化过程参与三羧酸循环，能产生ATP，发生在过氧化物酶体中的氧化产生热量，B正确；C、由A、B分析可知，C错误；D、该过程发生在线粒体和过氧化物酶体中，最终产物是二氧化碳和水，同时合成ATP，D错误．故选：B．
