普通U盘和杀毒U盘加密U盘的区别主要在于软硬件两个方面：
软件方面。普通U盘只提供最基本的文件存储功能，而杀毒U盘内部集成了杀毒软件，连接电脑后可以提供系统杀毒的功能，清除病毒和木马；加密U盘则在U盘内部集成了加密软件，可以对U盘进行加密，防止U盘数据被未经授权的人员窃取。
硬件方面。普通U盘是最基本的U盘接口，由闪存芯片和控制和接口电路构成，而杀毒U盘为了防止病毒感染，一般都带有硬件写保护，同时更改了U盘控制结构，将一个U盘模拟为两个盘符，一个用于存储文件，一个模拟为光驱，专用于杀毒；硬件加密U盘则会在控制电路添加硬件加密芯片，提供更高级别的加密安全。
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