发生场所不一样，对于真核生物来说前者发生在线粒体，后者发生在叶绿体;电子传递也不一样，前者一般为NADH或FADH 2 --Q(泛醌)--细胞色素c--O2，而后者的电子传递链一般为P680→pheo→Q→ PQ→Fe-S-Cytb6→Cytf→PC→P700;产物不一样，前者为ATP，后者一般是ATP与NADPH。
