区分的方法很多，如从其细胞器上看，真核细胞有细胞器，原核细胞一般认为无细胞器.此外，真核细胞有细胞核，原核细胞无细胞核，有拟核。
原核细胞 真核细胞
细胞大小 较小，约1-10um 较大，约10-100um
细胞核 无成形的核、核膜、核仁 核具一定形态，有核膜、核仁
染色体 有一条DNA，不与蛋白质结合 2条以上DNA，与蛋白质、RNA
结合成染色体
细胞器 无细胞器，只有少量膜片层和核糖体 有各种具膜或不具膜的细胞器
细胞壁 主要是肽聚糖，不含纤维素 主要有纤维素、半纤维素和果胶组成
原核细胞与真核细胞有什么区别
根本区别是有无核膜包被的细胞核,具有核膜包被细胞核的细胞称为真核细胞.无核膜包被细胞核的细胞称为原核细胞.
将真核细胞内的结构体系归纳起来可分为三大系统：生物膜结构体系、遗传信息表达结构体系、细胞骨架结构体系.即：以脂质及蛋白质成分为基础的生物膜结构系统；以核酸（DNA或RNA）与蛋白质为主要成分的遗传信息表达系统；由特异蛋白分子装配构成的细胞骨架系统.
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