购房合同的补充协议，这是根据变化的情况制作的补充协议，如果双方签字盖章以后一样具有法律效力。如果内容违法，这个补充协议无效。
补充协议一般是对原合同的补充或者变更，在购房协议中要明确约定，如果补充协议的条款与原协议不一致发生冲突的时候，应当以补充协议为准，但原协议明示不得变更的条款，补充协议中对该条款的发生变更则不具有法律效力，所以补充协议是有法律效力的
这个需要看相关法律条文的性质，如果是效力性的强制性规范，那么合同与其相违背是无效的。如果并不是效力性条款的话，那么该合同条款并非一定无效。
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