A、袁隆平杂交水稻的推广，的确提高了粮食产量，但全国普遍栽植杂交水稻，导致许多水稻品种的消失，不利于水稻品种多样性的保护，A错误；
B、四倍体西瓜与二倍体西瓜杂交所产生的三倍体西瓜是无籽的，该无籽西瓜不可育，这说明四倍体西瓜与二倍体西瓜之间产生了生殖隔离机制，因此分属于两个物种，B正确；
C、植物体细胞杂交打破了生殖隔离机制，克服了远缘杂交不亲和性的障碍，由于杂种细胞经组织培养能发育成杂交植株，属于细胞全能性的体现，C正确；
D、人工选择，与自然选择相比，必然会导致作物品种进化方向发生改变，D正确．
故答：A
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