西藏山南咯扎县属藏南温带半干旱高原季风气候。县东南部具有亚热带半湿润、湿润气候的特点，降水多，日照少；西北部为高原温带半干旱季风气候区，少雨多风，气候干燥，日照充足。年日照时数2746小时，年平均降水量366.8毫米，年无霜期105天左右。降水分布不均，东南地区多于西北地区。自然灾害主要有雪灾、旱灾、涝灾、冰雹等。
