元代是中外金丹术交流的重要阶段。在元代,阿拉伯的科学技术对中国影响很大。元朝在上都、大都各设回回药物院,管理回回药事;现存明初刻本《回回药方》,当是元代翻译的阿拉伯医书和药书。很多阿拉伯学者在元大都工作。例如,据戴良《九灵山房集》卷十九载,丁鹤年,西域人,算数、道引、方药之说,靡不旁习,在四明或卖药自给。1273年(至元七年),北司天台申报该台“合用文书经,计经书二百四十二部”,其中存放在提点官札马鲁丁家内的经书47部。在这47部文书中,就有亦乞昔儿撰的金丹术著作《烧丹炉火》8部。这证明阿拉伯金丹术知识在元代曾大量传入中国。在《庚道集》卷二第6页中提到“北卢甘石即回回名脱梯石。”元忽思慧《饮膳正要》记载:“用好酒蒸熬,取露成阿剌吉。”阿剌吉是阿拉伯语Araq的音译,说明元朝时阿拉伯蒸馏器曾传入我国。中国金丹术知识在元代大量传入阿拉伯国家。元兵西征时,使阿拉伯人学会了火药的配制技术和火器的使用方法。唐代孙思邈的《千金要方》在元代被译成波斯文。拉施特在1313年前后主编了一部中国医学百科全书,题名《伊尔汗国的中国科学宝藏》,书中涉及中国药物学。这些著作中都包含有中国金丹术知识。英国金丹家罗吉尔·培根曾同出使过元帝国的法国人吉尧姆·卢布鲁克有交往。培根不仅同卢布鲁交谈过,而且阅读了他的旅游报道。卢布鲁克于1253年从黑海北岸沿陆路跋涉到和林,受到元宪宗的接见。卢布鲁克是否向培根介绍过中国金丹术和火药方面的知识,这是一个有待研究的问题。但有一点是可以肯定的,那就是培根在其《大著作》里使用了卢布鲁克提供的资料,这是“中国”第一次出现在英国人的著作里,而这位英国人却是一位金丹家。