A、叶绿体和线粒体都有两层生物膜；A正确；B、叶绿体是光合作用的场所，内含和光合作用有关的酶，线粒体是有氧呼吸的主要场所，内含和呼吸作用有关的酶，它们的内部都有基质且含有DNA和不同的酶，B错误；C、叶绿体内部还有类囊体堆叠的基粒且上面附有很多色素，C正确；D、线粒体内膜是有氧呼吸第三阶段的场所，基质是有氧呼吸第二阶段的场所．线粒体内膜和基质中有许多与有氧呼吸有关的酶，D正确．故选：B．
