区别在于某些字根的增减和分布变动上，现在人们使用的绝大多数都是86版的五笔，在没有特别说明的情况下，多数指的是86版。正因为是86版的，所以极少数的字在拆分上有些不合理不规范。
目前五笔字型共分为86版、98版、18030版三个定型版本，前两个版本是以推出的时间而定名的，也就是：86版—1986年推出；98版—1998年推出。18030版是按GB18030-2000大字集标准而定名的。它们之间的关系为：86版和98版是两套相互独立的版本，18030版是86版的大字集升级版，并加强的编码规范性。98版的五笔编码规范性做了改良，通过了国标鉴定，但由于86版先入为主，因此很多用惯了86版的用户很难去适应98版的编码规则。但是事实上98版更为合理、科学一些。说白了还是习惯性的问题。
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