员工在扣除社保和住房公积金之后，剩余部分应该达到31275元，个人所得税就需要缴纳5000元。法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第六条 应纳税所得额的计算：（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
