滤材摆放遵循先物理后生化的原则，按水流方向，第一格上层放白棉，下层生化棉，后面的几格按最大量放满细菌屋、陶瓷环等滤材，最后在铺上一层生化棉。这些只是建议，可以根据实际情况来调整。
不同饲养种类放置方法不同。比如淡水鱼，按水流顺序，依次是滤棉、生物过滤材料，水质调整材料，水泵。再比如海冰鱼，先是下水滤袋，再是蛋分，然后是藻缸或厚砂系统，最后是水泵。
