1788年歌德返回魏玛，不久，法国大革命爆发了，歌德始而为之欢呼，但渐渐地对革命中的暴力流血产生了憎恶，甚至写了一些作品对革命加以诋毁和嘲弄。这个时期，他对自然科学进行了深入的研究，提出了一个解剖学的创见、一个植物学的重要假说和一个复杂的颜色理论。
