内含子的功能现在还没有完全的被探究清楚
但是估计可能与基因表达的调控有关，比如在切除一些内含子之后某些基因无法表达或者错误表达
一种说法认为，内含子对基因的转录具有某种调控作用，比如增强作用；另一种说法认为，内含子可以把不同的外显子组合在一起（如：某段基因中有1、2、3、4、5这五个外显子被四个内含子分开，内含子可以把1、2、4、5或1、2、3分别组合在一起），使其形成不同功能的蛋白质。”
转录的最初结果是包含内含子的，只不过经过加工后，内含子会被切掉。
Some of them have been discovered do have their roles~~~
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