亚里士多德的认识论也如同本体论一样,表现出一种折中与调和的特点。一方面他承认对于第一实体或个别事物的认识是从感觉开始,客观存在的事物是感觉发生的源泉。他把人的“感性灵魂”比作“蜡块”,感觉就是外物印在“蜡块”上的痕迹。“离开感觉,没有人能够理解任何东西”。认识的顺序是从感觉经过记忆、经验而上升到科学技术和哲学的认识。哲学的认识就是智慧,它虽然是对一般原理和原因的认识,但这些一般原理和原因是“理性灵魂”通过分析和归纳从“感性灵魂”这个“蜡块”的痕迹中得出的。因此亚里士多德实际上已经接近了“凡是在理智中的,无不先在感觉之中”这一经验论的基本原则,他的整个科学研究中也表现出明显的经验主义倾向,与柏拉图形成鲜明的对比。
但是亚里士多德同时也表现出巴门尼德—柏拉图这一传统的唯理论的一面,他认为,感觉只能感受事物的形式而不能把握其实质,更不能使我们认识到事物的本质。“‘感官’是指这样一种东西,它能够撇开事物的质料而接纳其可感觉的形式。这正像一块蜡接纳图章的印迹而撇开它的铁或金子。我们说产生印迹的是铜的或金的图章,而它的特殊金属素质如何却不相干。同样情形,感官受到有颜色的、有香味的、或者发声音的东西影响,至于那个东西的实质是什么却没有关系。”这就是所谓“蜡块说”。此外,感觉与感觉的对象是彼此外在的,感觉在对象面前是完全被动的,而且它只能对个别的事物进行感觉,不能把握普遍的东西,普遍的东西是内在于理性灵魂之中的。他在《论灵魂》中说:“现实的感觉是个别的,而知识是普遍的。在某种意义上,普遍存在于灵魂自身之中,这就是人们何以只要愿意,便能随时思维的原因。而感觉不是随自己意愿的,它必须要受到感觉对象的启动,关于感性对象的知识也是如此,由于同样的原因,感觉对象是个别的、外在的。”从这种意义上来说,感觉当它尚未被外在的对象刺激时,只是一种潜在的认识能力;只有内在地包含着普遍概念的理性灵魂的思维活动,才是现实的认识。
亚里士多德虽然承认理性灵魂中关于一般原理和原因的知识不能脱离感觉经验,但是他却把感觉经验仅仅当作普遍知识的触媒,而不是它们的来源。在他看来,科学的第一原理和基本概念,如数学公理、形式逻辑的思维规律等,都是潜在于理性灵魂之中的,只是通过感觉经验的刺激才被理性直观到(在这里可以看到柏拉图“回忆说”的明显痕迹)。因此,普遍知识就其根本而言是先验的。亚里士多德把理性灵魂(努斯)区分为两种状态,一种是受到肉体遮蔽的消极被动的理性灵魂,它以外界事物为对象,建立在感觉、记忆和经验的基础之上,随着身体的死亡而消失;另一种是积极能动的理性灵魂,它摆脱肉体束缚,只以自身为对象,只思维不涉及任何质料的“纯形式”,在这里,“思维者和被思维者是一样的;因为思辨的知识和它的对象是一样的”。这种积极能动的理性灵魂是永恒的精神实体,它并不随着身体的死亡而消失,而是从“外部”进入身体的神圣精神的闪光,正是它使得潜在于灵魂中的普遍原理成为现实的知识。显然,亚里士多德关于有死灵魂与不死灵魂的划分是对德谟克利特和柏拉图的灵魂学说的一种调和,德漠克利特认为构成灵魂的原子随着身体的死亡而彻底消散,因此根本就不存在什么“不死的灵魂”;柏拉图主张灵魂可以在不同的肉体之间进行轮回,因此灵魂就其本性而言是不死的。亚里士多德则试图以一种折中的方式把这两种对立的灵魂学说协调起来。但是他同时又强调,积极能动的理性灵魂只存在于自由人身上,奴隶作为“会说话的工具”只具有消极被动的灵魂。