养鱼缸有细菌是正常现象，鱼缸中一般要培养硝化细菌系统才有利于鱼的生活。新缸必须做好消毒工作，用高浓度盐水浸泡24小时到48小时，之后全缸水抽掉加入新水进行养水，利用旧的的滤材和滤棉，能将旧的滤材和滤棉移入到新鱼缸里，大大促进硝化细菌繁殖的速度，可以节约一半的培养时间
目前市场有几种人造硝化细菌，有液态，有粉末状，胶囊类型等，这样可以满足鱼友迫切尽快饲养要求，按说明书使用。硝化作用从5度~35度都可以进行，在25度是最适宜的，所以不要认为冬天硝化菌就不工作了，它们只是活性降低而已。硝化菌不喜光，如果有条件最好制造全黑的环境，这不是必需条件，有最好，实在没有也行。硝化菌会形成菌膜，会吸附在固体表面进行繁衍，所以在鱼缸里我们需要为硝化菌提供足够的栖息场所。
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