国内自然人以个人名义不可以进行境外投资备案。因为自然人境外投资不属于商务主管部门管理范畴，（自然人在境外为上市而设立特殊目的公司，目前由外汇局负责办理相关的外汇登记手续）所以国内自然人不能以个人名义进行境外投资备案。
