第一，法院不会因为离婚时债务巨大而不受理这起离婚案件，因为这是你们的诉讼权利，法律必须予以保护。
第二，离婚在法律上一般涉及到两个重要问题，孩子抚养权和财产分割的问题。你们离婚了，孩子跟谁？特别是针对双方都想争得孩子的抚养权时，法院会根据孩子的年龄段、你们两家的经济条件、对孩子成长是否有利等等因素，考虑应该将孩子判给哪方抚养。
第三，财产分割问题。财产除了包括有形的房产、存款和债权外，还包括你们的债务，所以要是到法院诉讼离婚的话，将会对房产、存款和债权包括债务一起进行分割，通俗地讲就是会对共同财产和共同债务进行分割。
第四，就本案的情况来说，她不同意协议离婚，那你就走诉讼离婚的途径，到法院去起诉，但去法院起诉离婚必须达到相关条件，就你们的情形来说，要达到因感情不和分居满两年的才能离婚。
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