一般是这样处理的：一是叫出售农副产品的单位和个人到税务机关申请代开发票；二是直接向农户收购的，可以向税务机关领购《农产品收购专用发票》自己开具。这些发票是允许抵扣的。全国都一样，大家都是这样处理。
认定一般纳税人后，可向主管国家税务局申请农产品收购发票。从农民手上购买农产品可自己开具农产品收购发票，按收购发票额13%抵扣；如果不能申请农产品收购发票，可以让销售给你农产品的客户到税务局代开普通发票（如果是自产的免税，如果是非自产的按3%缴纳增值税），这样你就可以按取得的在税务局开具的普通发票按13%抵扣了。
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