中欧航空工程师学院充分借鉴法国航空工程师教育培养模式与经验，通过精英预科教育和精英工程师教育两个阶段，由中国民航大学和法国航空航天大学校集团教师、中国民航航空运输企业和欧洲航空企业专家共同承担基础教学、专业教学、实验实习等，派送学生到中国民航航空运输企业、欧洲航空航天企业中国公司实习，完成工程师培养的全过程。 第一阶段三个专业方向为中国民航和在华欧洲航空企业最为紧需的专业方向，目前可供选择的三个专业方向 ：
①飞机结构与材料（对应我国专业目录：飞行器设计与工程，专业代码：081501H）；
②航空推进系统运行与维护（对应我国专业目录：飞行器动力工程，专业代码：081502H）；
③机载电子与空管技术（对应我国专业目录：通信工程，专业代码：080604H） 鉴于中国民航在空管和机场领域紧迫的发展要求，中欧合作双方已确定将扩大合作范围，第二阶段将分为五个专业方向。
①飞机结构与材料（对应我国专业目录：飞行器设计与工程）
②航空推进系统运行与维护（对应我国专业目录：飞行器动力工程）；
③机载电子与空管技术（对应我国专业目录：通信工程）
④空管新技术与应用
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