一、原核生物启动子:
在基因或操纵子的终末往往具有特殊的终止顺序,它可使转录终止和RNA聚合酶从DNA链上脱落.
例如大肠杆菌色氨酸操纵子后尾含有40bp的GC丰富区,其后紧跟AT丰富区,这就是转录终止子的结构.
终止子有强、弱之分,强终止子含有反向重复顺序,可形成茎环结构,其后面为polyT结构,这样的终止子无需终止蛋白参与即可以使转录终止.
而弱终止子尽管也有反向重复序列,但无polyT结构,需要有终止蛋白参与才能使转录终止.
典型转录终止子的特征:茎环结构,富含GC;含4个以上的U.
原核生物启动子序列包括:CAP序列,增强聚合酶的结合和转录的起始序列(-70~-40);识别区(-35);解旋区(-10);转录起始位(+1)
二、真核生物启动子:
启动子(promoter):真核基因启动子是在基因转录起始位点(+ 1)及其5’上游近端大约100~200bp以内(或下游100bp)的一组具有独立功能的DNA序列,每个元件长度约为7~20bp,是决定RNA聚合酶转录起始和转录频率的关键元件.
启动子包括:A.核心启动子(core promoter):是指足以使RNA聚合酶Ⅱ转录正常起始所必需的、最少的DNA序列.其中包括转录起始位点或起始子(initiator)(+1):一般是A或G及转录起始位点上游-25/-30bp处富含TA的典型元件TATA框.
B.上游启动子元件(upstream promoter element,UPE):包括通常-70bp附近的CAAT框:GGCCAATCT和GC框:GGGCGG等,能通过TFⅡ-D复合物调节转录起始的频率,提高转录效率.
RNA聚合酶分三类。RNA聚合酶Ⅰ存在于核仁中,转录rRNA顺序。RNA聚合酶Ⅱ存在于核质中,转录大多数基因,需要“TATA”框。RNA聚合酶Ⅲ存在于核质中,转录很少 RNA聚合酶几种基因如tRNA基因如5SrRNA基因。有些重复顺序如Alu顺序可能也由这种酶转录。上面提到的“TATA”框又称Goldberg –Hogness顺序,是RNA聚合酶Ⅱ的接触点,是这种酶的转录单位所特有的。它在真核生物的转录基因的5’端一侧,在转录起点上游20至30个核苷酸之间有一段富含AT的顺序。如以转录起始点为0,则在-33到27个核苷酸与-27至21核苷酸之间,有一个“TATA”框。一般是7个核苷酸。原核生物中也类似“TATA”框的结构。RNA聚合酶作用在“TATAAT”(Pribnow)盒和“TTGA-CA”框附近