关于你06年签订的租赁合同首先你要明确几个问题：
第一：06年的合同中的租赁标的物是厂房的使用权还是3亩的土地使用权；
第二：06年的合同中对于因不可抗力因素所导致标的物损坏或不能履行时双方是如何约定的；
第三：09年的协议中对于租金支付的具体约定内容。
只有明确以上三点我才可以为你更好的解答！
这个你可以继续起诉 不行就坐下来好好协商吧
你要诉人家侵权,则要证明你是合法拥有使用权的,也就是租赁协议有效的.09年租金双方协议是怎么交的,如果违反协议,则按协议规定执行.
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