德甲
第九轮 弗赖堡1-2拜仁，神奇小子托马斯·穆勒上半时首开纪录，下半时一记威胁不大的传球又被车杜里送入自家球门，弗赖堡只是在最后时刻打进安慰球。
第十四轮，汉诺威96主场0比3负拜仁慕尼黑
第二十三轮，纽伦堡1-1拜仁，拜仁无缘追平单赛季10连胜的德甲纪录。
第二十五轮，科隆1-1拜仁，旧将波多尔斯基在上半场任意球劲射破门，结束长达1425分钟的联赛进球荒。
第二十七轮，法兰克福2-1逆转拜仁，阿拉巴交学费，拜仁终场前崩盘
德国杯
第一轮 内卡雷尔茨1-3拜仁慕尼黑
欧冠
小组赛
2009.09.30 拜仁慕尼黑0：0尤文图斯
2009.10.21 波尔多2：1拜仁慕尼黑
2009.11.25 拜仁慕尼黑1：0 海法马卡比
八分之一决赛
首回合 拜仁2-1佛罗伦萨
次回合 佛罗伦萨1-2拜仁
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