（1）细菌的结构包括细胞壁、细胞膜、细胞质、未成型的细胞核；酵母菌的结构包括细胞壁、细胞膜、细胞质和细胞核．所以酵母菌和细菌在结构上最大的区别就是酵母菌有成形的细胞核，细菌无成形的细胞核．
（2）细菌通过分裂的方式进行繁殖，分裂时，细胞首先将它的遗传物质进行复制，然后细胞从中部向内凹陷，形成两个子细胞．细菌的繁殖能力很强，在条件适宜的情况下，每20--30分钟就能繁殖一次． 酵母菌在环境条件较好时，比如营养充足，温度适宜进行出芽生殖，在条件不良时又可以进行孢子生殖．
（3）在生态系统中动物、植物的遗体、遗物被大量的细菌、真菌分解成二氧化碳、水和无机盐等无机物，归还土壤，供绿色植物重新吸收和利用，进而制造有机物，可见细菌、真菌是生态系统中的分解者，促进了生态系统中的物质循环．
故答案为：（1）荚膜；成形的细胞核；
（2）分裂；孢子生殖；
（3）二氧化碳；水
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