转录组研究象包括mRNA非编码RNA等新代高通量测序技术全面快速获特定细胞或组织某状态几乎所转录本序列信息表达信息准确析基表达差异、基结构变异、筛选标记（SNPs或SSR）等命科重要问题
基表达谱测序直接某物种或特定细胞某功能状态产mRNA进行高通量测序用研究基表达差异情况该技术结合转录组测序建库实验与转录组测序相比基表达谱测序要求读更短测序通量更仅用于基表达差异研究
转录组测序RNA水平测序相于DNA水平基组测序框架表达谱主要研究基表达量变化调或降先要转录组或基组才做表达谱否则没Ref做参考
转录组测序表达谱测序其实都通高通量测序技术进行转录组测序主要针没参考基组（即基组未完测序）物种侧重于获材料全部转录组信息；表达谱则侧重于检测各基表达量
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