植物生长调节剂和肥料都是农业投入品，其目的都是为了增加产量、改善品质等，但两者根本的区别在于，肥料是提供一种或一种以上植物必需的营养元素，能够改善土壤性质、提高土壤肥力水平的一类物质，由植物直接吸收或通过土壤间接吸收，可分无机肥料和有机肥料，既有常量使用的肥料（如氮、磷、钾肥），又有微量元素肥料（如铁、锰、锌肥）。而植物生长调节剂不是植物的营养物质，而是具有调控作物生长发育作用的微量信号类物质，不能代替肥料。
