microarray 和sequence的区别

生物芯片与第二代测序都是基因组学研究的重要手段。经过近20多年的发展，生物芯片相对第二代测序而言，优势在于价格便宜，便于分析。缺点则在于必须有参考序列（因为生物芯片的探针设计就是根据参考序列设计的）。当然还有很多技术上的优缺点，这里主要讨论他们的本质，来消除很多人对于二者的误解，认为基因芯片被二代测序取代至少在目前看来还是比较片面的。

相同点：

高通量和一些应用领域上的重合（比如表达谱，SNP）

不同点：

1.本质不同：

基因芯片的本质是核酸杂交。只不过是同时进行上万个核酸杂交而已；第二代测序在本质上是PCR.先用PCR的方法构建测序文库（SOLiD的油包水PCR，Solexa的桥式PCR），随后再以“边合成边测序”或者“连接介导的测序”，得到序列信息。

2.应用不同：

由于是核酸杂交，不需要扩增。因此基因芯片是个相对封闭的系统，只能检测序列已知的片段的浓度；另外，由于不需要扩增，保真性也较好。第二代测序本质上是测序，因此是个开放的系统，能检测到那些没有参考序列的片段，并且给出序列。由于在构建测序文库的过程中有PCR放大的过程，因此相对灵敏度较高（需要高覆盖倍数的测序深度配合），但也由于PCR放大过程的不均衡性，样品中片段的内在浓度比例常常会被破坏掉。所以：

（1）microarray不能发现新序列，而NGS可以发现一些以前没有检测到的基因。

（2）由于NGS本质上还是PCR，在建库的过程中样本被扩增上千倍，因此样本中基因的量的线性关系会有所偏差。因此NGS定量不是很好。如果想检测基因的表达量，还是用microarray的好。

因此，基因芯片和第二代测序技术在应用上虽然有交集，但还是有差别的。如果是比较参考序列良好的物种的表达谱，基因芯片好一些，而且基因芯片发展成熟，后续数据分析较方便。而如果想发现新的转录本，或者研究基因表达的可变剪接，3’UTR的变化等等，还是用第二代测序的好。我们现在倾向于认为基因芯片和第二代测序技术是两种不同的技术，两者有交集，但更多的是不同。至于选择哪种技术，还是要看具体想解决的问题是什么。简而言之，如果是想发现新东西，做探索性的实验，用NGS好些。如果研究对象是那些已知的东西，对定量的准确度要求很高，那么还是microarray的好。还有很多研究当基因组信息未知的时候，先用NGS测序全基因组序列，再用microarray进行分析。