甘肃省水利厅的内设机构

指导全省水利设施、水域及其岸线的管理和保护；指导重点河流、滩涂的治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导水利工程建设与运行管理，指导水利建设市场的监督管理。
科技外事处
承办水利国际合作和外事工作；拟订全省水利行业技术标准、规程规范并监督实施；组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广。 负责厅机关和直属单位的党建工作。
拟订全省渔业发展的政策、规划、计划并组织实施;指导渔业标准化生产和健康养殖;负责渔业水域生态环境和水生野生动植物保护;组织水产品质量安全的监督管理;指导水生动植物的防疫检疫和病害防控工作;负责渔业执法、监察和渔政队伍建设工作;组织、指导渔业基础设施建设与管理;指导水产技术推广和水产品加工流通;承办重大涉外渔事纠纷处理工作,协调处理重大渔事纠纷;承担水产综合统计,发布水产信息。承担渔船检验和渔政、渔港监督管理以及代表国家处理渔业涉外事务的职能。
审计与稽察处。
组织实施水利内部审计监督制度;负责厅机关及直属单位的审计工作;负责全省水利投资使用和管理情况的审计和审计调查;负责监督水利建设和经济活动违纪违规问题的整改;组织实施全省水利工程建设项目稽察制度;负责对国家和省投资及参与投资的全省水利建设项目进行全过程稽察;对水利工程建设过程中违规、违纪事件进行调查、处理、处罚。
安全监督管理处。
指导全省水利(渔业)行业安全生产工作;组织开展水利工程建设和水库、水电站等水利工程安全监督检查;负责调查处理并协调解决重大水利安全事故;履行法规规定的行政许可职责中涉及安全的有关事项。
节水处(省节约用水办公室)。
负责全省节约用水工作;拟订节约用水政策,编制节约用水规划,制定有关标准;组织指导用水定额的编制和管理工作;组织拟订年度用水计划并监督实施;组织实施建设项目节水设施“三同时”管理制度;指导节水器具的推广,监督节水设施的安装和使用;指导和推动节水型社会建设;承担吉林省节约用水办公室的具体工作。
老干部处。
负责机关离退休干部管理服务工作;指导直属单位的离退休干部工作。
机关党委。负责机关和在长直属单位的党群工作。