Linux和Window是两种不同的操作系统。我有点不太明白你的问题。
第一种理解：要在Linux下开发Windows的程序。
答案：可以直接在Windows下开发就可以。然后可以通过一些软件让你的Windows软件跑在Linux下，这些软件比如有cygwin。不过目前这类软件的兼容性不能达到100%。
第二种理解：在Linux下开发和Windows一样差不多的程序。这种程序不需要在WIindows下跑，它们实际还是Linux下的程序。只是会显示出Windows那样的窗口状态。
答案：首先你需要一个在Linux运行的Window环境。在Linux下比较有名的Window软件叫XWindows。你可以在你的Linux中运行startx来启动它（你装Linux一定要装了X才可以）。然后有一些开发包支持你在Linux开发有窗口的程序。比如QT，GTK等。
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