设有16个一级科室，40个二级科室，15个医技科室及其他业务科室，其中腔镜科为卫生部四级妇科内镜手术培训基地，中医科为全国综合医院中医药工作示范单位，产前诊断研究室、新生儿科、妇科、麻醉科、中医科为省级临床重点专科，儿童保健科、产科、妇女保健科、乳腺科、检验科、超声诊断科为市级临床重点专科，妇女保健科、儿童保健科、围产保健科、妇科、产科、新生儿疾病诊断中心、遗传医学中心、辅助生殖医学中心、乳腺病科、宫颈疾病科为省妇幼保健重点学科。南京市妇女保健所、儿童保健所、新生儿疾病筛查中心均设于院内。
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