收据丢了,怎么办?

按你的说法，估计你们的工程款在支付方式上是采用预付方式，也就是说平时支付工程款时，是按对方提供的收据入在建工程，等工程完工结算后，再凭对方的发票补差，而结转固定资产是按发票入帐，是吗？如果是这样的话，你的做法可取！如果对方不配合，你注明也可以的！按现在的规定固定资产入帐就是凭工程发票，收据只代表一个过程，工程款与发票没有进出的话，那就没问题了！

我感觉这5万元的收据和税务局是没什么关系的了,因为对方公司已开具正式发票,其中包括这五万元在内.
现在的问题倒是如sui1024所担心的那样,这5万现金的收付问题.万一拿不到复印件,又拿不出收据,人心就难测了.

这种情况，事实清楚，你去复印一份收据，复印的收据让对方敲章，自己写个说明附在后面即可。

补充回答:银行电汇的话,银行也有相关的凭据

五万元的收据是现金还是支票？支票要好说得多，有银行转帐凭证。现金就蛮麻烦的。
关键是工程方和你们的关系如何？关系好的话，要一份这五万元收据的复印件并盖单应该没问题；关系不好，事情没办成，反让对方知道你们收据丢了。
防人之心不可无。

一定要取得对方单位的发票复印件，加该对方财务章，不然税务局查起来没完的。