医院设置临床、医技科室38个、医疗中心6个、市级研究所和实验室3个，其中省级重点专科1个（神经外科）、市级重点学科16个（神经外科、神经内科、骨科、医学检验科、医学影像科、儿科、普通外科、麻醉科、感染性疾病科、血液内科、急诊医学科、临床药学科、肿瘤放疗科、呼吸内科、耳鼻咽喉科、病理科）、市级重点学科建设单位8个（肿瘤内科、妇产科、眼科、心血管内科、胸外科、消化内科、内分泌科、口腔科）、市级中医重点专科1个（中医科）；设立病区27个，开放床位1080张。神经、心脏、肿瘤、急救创伤四大战略性支柱学科初步形成，心脏病、脑卒中、创伤、急性中毒4条急救绿色通道24小时畅通。北京阜外心血管病医院连云港心脏中心、中国医学科学院肿瘤医院连云港诊疗中心、苏州大学附属第一医院连云港血液病诊疗中心、中日骨科合作研究中心等在我院相继成立并成功运行。
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