不行，不能换成碱基对，只能说碱基。
DNA在转录为mRNA时，DNA要先解旋，并把双螺旋从中间解开，从一条链上转录。此时碱基已经不成对了。
所以只能说碱基的排列顺序，不能说是碱基对的排列顺序。
有差别的，决定转录和翻译信息的那条是反义链，DNA的哪一条是编码链是决定好的，对于一段特定的DNA，其编码信息是确定的，转录方向也是确定的，因此碱基对的排列和碱基的排列其实是一回事，在英文文献中，一般都是用bp来描述，所以中文用碱基对应该也是可行的，但是在中文教材上，几乎没有人用碱基对代替碱基，你知道这是一回事就行了
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