你好，如果你的分数够考上以上两所学校的话，主要还是由专业来决定你的选择吧。
同济大学工科专业比较牛，特别是土木工程，建筑学，交通工程，车辆工程，在国内都很有名气，不过这部分专业同济收分比较高，其它专业同济不是很强。
南京大学的理学类专业很有实力，像数学，物理学，化学，生物学都是它的强项。某些专业如软件工程，材料物理与化学，微电子学与固体电子学也都很好，如果分数够的话，建议报考。
同济和南京大学总的来说南京大学收分高于同济（除开个别专业）。
希望以上信息对你有帮助，祝你考上理想的学府！
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