水电站的主体管理责任是谁，就找谁赔偿。首先可以和对方协商赔偿事宜。如果协商不成，向法院起诉。
上述情况，你必须首先知道水电站归谁管，主体管辖责任是哪个单位。
例如，是村里建的，找村委会赔偿；是乡镇政府建的，由乡镇政府赔偿；是某个水利部门建的，由这个水利部门赔偿。
《侵权责任法》
第八十六条 建筑物等倒塌致害责任
建筑物、构筑物或者其他设施倒塌造成他人损害的，由建设单位与施工单位承担连带责任。建设单位、施工单位赔偿后，有其他责任人的，有权向其他责任人追偿。 因其他责任人的原因，建筑物、构筑物或者其他设施倒塌造成他人损害的，由其他责任人承担侵权责任。
是不是被自然灾害造成，如果是正常使用导致找建筑物的所有人或使用人，如果因自然灾害存在免责，农田损坏导致家庭承包经营合同部分不能履行，与村委协商解除。
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