通过比较解剖学显示二者在骨骼等方面有相似之处。最早的鸟有类似恐龙脚的爪子始祖鸟(Archaeopteryx)是已知的最早的鸟,新研究报告说,对保存最好的始祖鸟化石的研究发现,它有类似兽足目恐龙的爪子。这些标本为鸟的爪和头骨提供了重要的详细信息,加强了一个被广泛(但不是完全)接受的观点:现代鸟是由兽足目恐龙进化而来的。
依据化石的形态结构