A、DNA分子中碱基对的增添、缺失和替换不一定都是基因突变，如突变发生在非编码区，则没有引起基因结构的改变，A正确；B、经X射线处理后未出现新的性状，可能形成新基因，如AA突变成Aa，B错误；C、二倍体植株的花粉经脱分化与再分化形成的植株是单倍体，单倍体高度不育，不能稳定遗传，C错误；D、水稻根尖细胞不能进行减数分裂，所以不能发生基因重组，D错误．故选：A．
